经过几代人艰苦奋斗，目前保藏标本40多万号，其中已定名标本为19万号，2万余种，经计算机统计，这些已定名标本采自中国以及111个国家，南极大陆和北极圈内地区。据初步统计中国标本占77%，外国标本占23%，现有模式标本1600余种，成套标本集35套。其中有：中国地衣成套标本集以及德国、美国、俄罗斯、瑞典、奥地利等国家的地衣成套标本集；中国菌物标本馆成套标本集；中国菌物标本馆成套标本集；北美锈菌；德国菌物；稀有小型真菌等，是我国现在从事地衣担子菌、伞菌、多孔菌、黑粉菌、锈菌、子囊菌分类研究与国际交流等方面发挥了重要作用。

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